夫婦が別々に自分たちの実家のお墓にそれぞれ入ることは可能でしょうか？

法律的には問題ございません。

様々なご事情でそのほうが好ましいとお考えの場合は、ご夫婦が別々のお墓に入ることも充分可能です。